Cambie el SQL que ejecutará phpmyadmin a este:
LOAD DATA INFILE '*FILEPATH*'
INTO TABLE *table*
(X, Y);
(Solo tendrá que cambiar la última línea) Y su csv debería verse como
-105.057578,39.785603
-105.038646,39.771132
-105.013045,39.771727
-105.045721,39.762055
-105.031777,39.76206
-105.046015,39.72835
La última línea le dice a MySQL que busque solo esas dos columnas de datos e inserte nulo para cualquier otra columna. El valor NULL se incrementará automáticamente como se esperaba.
