Todo está razonablemente bien explicado en el manual; esas opciones se configuran a través de directivas adicionales en config.inc.php.
Véase, por ejemplo, http://docs.phpmyadmin.net/en/latest/ config.html#cfg_Servers_ssl y los pocos párrafos que siguen. (O, para ser más específicos, ver
- http://docs.phpmyadmin.net/en/latest/ config.html#cfg_Servers_ssl_key ,
- http://docs.phpmyadmin.net/en/latest/ config.html#cfg_Servers_ssl_cert ,
- http://docs.phpmyadmin.net/en/latest/ config.html#cfg_Servers_ssl_ca ,
- http://docs.phpmyadmin.net/en/latest/ config.html#cfg_Servers_ssl_ca_path , y
- http://docs.phpmyadmin.net/en/latest/ config.html#cfg_Servers_ssl_ciphers ).
En mi caso, pude lograr esto agregando estas directivas:
$cfg['Servers'][$i]['ssl'] = true;
$cfg['Servers'][$i]['ssl_cert'] = '/etc/mysql/client-cert.pem';
$cfg['Servers'][$i]['ssl_ca'] = '/etc/mysql/ca-cert.pem';
$cfg['Servers'][$i]['ssl_key'] = '/etc/mysql/client-key.pem';
Ajuste, por supuesto, para las rutas correctas en su sistema local. ¡Buena suerte!