Para cualquier otra persona que venga aquí en busca de una respuesta:
En phpMyAdmin 4.5.0, quizás también en versiones anteriores, puede establecer el $ cfg['TablePrimaryKeyOrder'] configuración así:
$cfg['TablePrimaryKeyOrder'] = 'DESC';
Esto define el orden de clasificación predeterminado para las tablas, que tienen una clave principal, cuando no hay un orden de clasificación definido externamente. Valores aceptables:['NONE', 'ASC', 'DESC']
Esto establece la ordenación predeterminada si la tabla tiene una clave principal y no se le ha aplicado ninguna otra ordenación.