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MongoDB:¿Es posible hacer una consulta que no distinga entre mayúsculas y minúsculas?

Podrías usar una expresión regular.

En tu ejemplo sería:

db.stuff.find( { foo: /^bar$/i } );

Sin embargo, debo decir que tal vez podría reducir (o aumentar) el valor en el camino en lugar de incurrir en el costo adicional cada vez que lo encuentra. Obviamente, esto no funcionará para nombres de personas y demás, pero tal vez casos de uso como etiquetas.