Debe hacer uso de 2 conceptos:el operador posicional de mongodb y simplemente usar el índice numérico para la entrada que desea actualizar.
El operador posicional le permite usar una condición como esta:
{"heroes.nickname": "test"}
y luego haga referencia a la entrada de matriz encontrada de esta manera:
{"heroes.$ // <- the dollar represents the first matching array key index
Como desea actualizar la segunda entrada de matriz en "elementos", y las claves de matriz están indexadas en 0, esa es la clave 1.
Entonces:
> db.denis.insert({_id:"43434", heroes : [{ nickname : "test", items : ["", "", ""] }, { nickname : "test2", items : ["", "", ""] }]});
> db.denis.update(
{"heroes.nickname": "test"},
{$set: {
"heroes.$.items.1": "new_value"
}}
)
> db.denis.find()
{
"_id" : "43434",
"heroes" : [
{"nickname" : "test", "items" : ["", "new_value", "" ]},
{"nickname" : "test2", "items" : ["", "", "" ]}
]
}