Evite que Mongoose cree la propiedad _id para los elementos de la matriz del subdocumento

Es simple, puede definir esto en el subesquema:

var mongoose = require("mongoose");

var subSchema = mongoose.Schema({
    // your subschema content
}, { _id : false });

var schema = mongoose.Schema({
    // schema content
    subSchemaCollection : [subSchema]
});

var model = mongoose.model('tablename', schema);