MongoDB no admite claves con un punto, por lo que tendrá que preprocesar su archivo JSON para eliminarlo/reemplazarlo antes de importarlo o se enfrentará a todo tipo de problemas.
No existe una solución estándar para este problema, el mejor enfoque depende demasiado de los detalles de la situación. Pero evitaría cualquier enfoque de codificador/descodificador clave si es posible, ya que continuará pagando los inconvenientes de eso a perpetuidad, donde una reestructuración JSON presumiblemente sería un costo único.