$ suma condicional en MongoDB

Como sugirió Sammaye, debe usar el $cond operador de proyección de agregación para hacer esto:

db.Sentiments.aggregate(
    { $project: {
        _id: 0,
        Company: 1,
        PosSentiment: {$cond: [{$gt: ['$Sentiment', 0]}, '$Sentiment', 0]},
        NegSentiment: {$cond: [{$lt: ['$Sentiment', 0]}, '$Sentiment', 0]}
    }},
    { $group: {
        _id: "$Company",
        SumPosSentiment: {$sum: '$PosSentiment'},
        SumNegSentiment: {$sum: '$NegSentiment'}
    }});