Búsqueda anidada MongoDB con 3 niveles

La causa de sus 'problemas' es la segunda etapa de agregación - { $unwind: "$address" } . Elimina registro por fiesta con _id: 4 (porque su matriz de direcciones está vacía, como mencionas) y produce dos registros para las partes _id: 1 y _id: 5 (porque cada uno de ellos tiene dos direcciones).

• Para evitar la eliminación de partes sin direcciones, debe configurar preserveNullAndEmptyArrays opción de $unwind etapa a true .

• Para evitar la duplicación de partes para sus diferentes direcciones, debe agregar $group etapa de agregación a su canalización. Además, use $project escenario con $filter operador para excluir registros de direcciones vacíos en la salida.

db.party.aggregate([{
  $lookup: {
    from: "address",
    localField: "_id",
    foreignField: "party_id",
    as: "address"
  }
}, {
  $unwind: {
    path: "$address",
    preserveNullAndEmptyArrays: true
  }
}, {
  $lookup: {
    from: "addressComment",
    localField: "address._id",
    foreignField: "address_id",
    as: "address.addressComment",
  }
}, {
  $group: {
    _id : "$_id",
    name: { $first: "$name" },
    address: { $push: "$address" }
  }
}, {
  $project: {
    _id: 1,
    name: 1,
    address: {
      $filter: { input: "$address", as: "a", cond: { $ifNull: ["$$a._id", false] } }
    } 
  }
}]);