Parece que el código anterior no funcionaría. Ni siquiera debería haber funcionado para el primer ejemplo que di.
Al final, recibí el apoyo de esta respuesta aquí:MongoDB, eliminar el objeto de la matriz
Aquí está mi código de trabajo:
userAccounts.update(
{ userId: usr.userId },
{
$pull: {
connections: { _id : connId }
}
},
{ safe: true },
function removeConnectionsCB(err, obj) {
// ...
}
);