Mongoose agrega múltiples objetos a la matriz si no existe

Puedes intentar usar bulkWrite operación en mongodb

Suponga que tiene la siguiente carga útil para actualizar

const payload = [
  { key: "city", label: "CITY" }, { key: "gender", label: "GENDER" },
  { key: "city", label: "CITY1" }, { key: "city2", label: "CITY" }
]

Consulta para actualizar documentos de forma masiva

Model.bulkWrite(
  payload.map((data) => 
    ({
      updateOne: {
        filter: { '_id': 'xxxx', 'additional.key' : { $ne: data.key } },
        update: { $push: { additional: data } }
      }
    })
  )
})

Que enviará una solicitud masiva para actualizar como esta

bulkWrite([
  { updateOne: { filter: { '_id': 'xxxx', 'additional.key' : { $ne: data.key } }, update: { $push: { additional: data } } } },
  { updateOne: { filter: { '_id': 'xxxx', 'additional.key' : { $ne: data.key } }, update: { $push: { additional: data } } } }
])