Actualmente, la única forma en que puede lograr esto es anotando su clase de dominio con @Document
usando la collection
La propiedad para definir el nombre de las instancias de colección de esta clase se conservará.
Sin embargo, hay un problema de JIRA abierto que sugiere agregar una estrategia de nomenclatura conectable para configurar las formas en que los nombres de clase, colección y propiedad se manejan de una manera más global. No dude en comentar su caso de uso y votarlo.