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¿Cómo aplanar un subdocumento en el nivel raíz en MongoDB?

Puede usar la proyección de MongoDB, es decir, $project operadores de canalización del marco de agregación también. (modo recomendado). Si no desea utilizar project consulta este enlace

db.colección.agregación([{$proyecto{ . . }}]);

A continuación se muestra el ejemplo para su caso:

db.collectionName.aggregate
([
    { $project: { a: 1, 'b': '$subdoc.b', 'c': '$subdoc.c'} }
]);

Le da el resultado que esperaba, es decir,

    {
        "a" : 1,
        "b" : 2,
        "c" : 3
    }