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Usando MongoDB $pull para eliminar documentos dentro de una matriz

Eso es exactamente lo que $pull operador lo hace, por lo que en el shell podría usar una update como:

db.clusters.update({}, 
    {$pull: {members: {tweetID: '5327010328645530500'}}}, 
    {multi: true})

Establecer el multi opción para que todos los documentos estén actualizados, no solo el primero.