Un ObjectId es binario y, por lo tanto, ocupa menos espacio. Los ObjectIds también tienen el factor de clasificación:terminarán estando en orden de inserción (o muy cerca), sin dejar de ser únicos. La clasificación puede ser buena para algunas cosas, pero no deseada para otras (como las claves de fragmentos). También puede extraer la marca de tiempo (segunda resolución) de un ObjectId, lo que puede ser conveniente.
Aparte de eso, diría que no hay mucha diferencia.
