¿Cómo realizo una consulta de matriz de identificación en Mongoose?

Aquí hay una manera mongoosey de usar el operador $in.

User.find()
  .where('fb.id')
  .in([3225, 623423, 6645345])
  .exec(function (err, records) {
    //make magic happen
  });

Encuentro la notación de puntos bastante útil para consultar en subdocumentos.

http://mongoosejs.com/docs/queries.html