Finalmente descubrimos cómo solucionar este problema, pero todavía no entiendo qué está sucediendo. En nuestro caso, tenemos un servidor que genera ~10 concentradores de señales que obtienen sus datos de MongoDB. Parece que cuando la aplicación se estaba iniciando, estaba haciendo varias llamadas rápidas a MongoDB para obtener el conjunto inicial de datos y, aunque ocasionalmente funcionaba, la mayoría de las veces no lo hacía. Terminamos resolviendo esto agregando un retraso de un segundo entre la carga de cada concentrador SignalR, por lo que la consulta inicial se retrasó un poco y no tuvimos contención.
Lo extraño de esto es que ninguna de estas colecciones tiene una gran cantidad de datos y la carga inicial suele ser <100 documentos por colección (máx.). Una vez que se inicializan las cosas, no parece importar la frecuencia con la que accedemos a MongoDB. Simplemente parece estar en la carga inicial.
