¿Los resultados de MapReduce parecen limitados a 100?

Tu reduce la función debe resumir el count valores, no solo agregando 1 para cada valor. De lo contrario, la salida de un reduce no se puede usar correctamente como entrada en otro reduce . Prueba esto en su lugar:

var R = function (key, values) {
  var sum = 0;
  values.forEach(function(x) {
    sum += x.count;
  });
  var result = {
    count : sum 
  };
  return result;
}