Dado que no hay límite en la cantidad de elementos en una matriz como tal, no debería tener ningún problema. En el caso de que la matriz esté incrustada dentro de un documento, es posible que desee echar un vistazo a estos:
http://groups.google.com/group/mongodb-user/browse_thread/thread/4a7caeba972aa998?fwc=1
Filtrado de contenido basado en palabras
http://groups.google.com/group/mongodb-user/browse_thread/thread/28ae76e5ad5fcfb5
