¿Ha intentado agregar otra proyección de inclusión? Creo que puedes agregar algo trivial como foo:1 (que no es un campo real) y debería funcionar.
Así:
{ 'countries' : { '$slice' : [0, 3] }, '_id' : 0, foo : 1 }
Si no funciona, sugiero presentar un error con mongo. En realidad, son muy buenos para responder a los errores.
