Recorra todas las colecciones de Mongo y ejecute la consulta

Está el db.getCollectionNames() método de ayuda que hace esto por usted. A continuación, puede implementar su código:

db.getCollectionNames().forEach(function(collname) {
    // find the last item in a collection
    var last_element = db[collname].find().sort({_id:-1}).limit(1);
    // check that it's not empty
    if (last_element.hasNext()) {
        // print its timestamp
        printjson(last_element.next()._id.getTimestamp());
    }
})

Probablemente también quieras un .hasNext() regístrese allí para atender posibles colecciones vacías.