En la mayoría de los casos, probablemente no desee crear varias colecciones, sino usar una colección y enviar vistas de ella a los clientes según su suscripción.
Es posible que desee consultar el paquete https://github.com/mizzao/meteor-partitioner que he creado, que está diseñado especialmente para este propósito e incluye un ejemplo de cómo hacerlo para varias salas de chat. También puede ver https://github.com/mizzao/CrowdMapper para ver un ejemplo implementado.
