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Actualice varios documentos por conjunto de ID. Mangosta

Lo más probable es que sí. Y se llama usando el operador $in en la consulta mongodb para la actualización.

db.Element.update(
   { _id: { $in: ['id1', 'id2', 'id3'] } },
   { $set: { visibility : yourvisibility } },
   {multi: true}
)

Todo lo que necesita es encontrar cómo implementar $in en mongoose.