subdocumento findOne en Mongoose

Te estás perdiendo los teamMembers nivel de su objeto, por lo que su código debe cambiar a algo como esto:

Team.findOne({'teamMembers.username': 'Bioshox'}, {'teamMembers.$': 1},
    function (err, team) {
        if (team) {
            console.log(team.teamMembers[0].email);
        }
    }
);