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¿Cómo puedo combinar varias colecciones en una colección usando $ lookup mongodb o nodejs mongodb?

Debe usar $skip y $limit para evitar este error. ¿Por qué obtener este error? tienes que leer el enlace del comentario de @Alex.

db.products.aggregate([ 
    {$skip:0},{$limit: 1000},
    {$lookup:{from:"productgroups", localField:"productgroupid", foreignField:"productgroupid", as:"group"}},
    {$lookup:{from:"category", localField:"categoryid", foreignField:"categoryid", as:"category"}},
    {$lookup:{from:"divisions", localField:"divisionid", foreignField:"divisionid", as:"division"}},
    {$project: {productpoint:1,productname:1,productcode:1,productid:1,group: { $arrayElemAt: [ "$group", 0 ]},
                category: { $arrayElemAt: [ "$category", 0 ]}, division: { $arrayElemAt: [ "$division", 0 ]} }} 
  ]);

{$skip:0},{$limit: 1000} // para inicial y luego para la próxima vez debe omitir:1000, límite:1000 y así sucesivamente. puede obtenerlo de la solicitud o mediante el uso de un bucle o mientras lo implementa.