Debe usar $skip y $limit para evitar este error. ¿Por qué obtener este error? tienes que leer el enlace del comentario de @Alex.
db.products.aggregate([
{$skip:0},{$limit: 1000},
{$lookup:{from:"productgroups", localField:"productgroupid", foreignField:"productgroupid", as:"group"}},
{$lookup:{from:"category", localField:"categoryid", foreignField:"categoryid", as:"category"}},
{$lookup:{from:"divisions", localField:"divisionid", foreignField:"divisionid", as:"division"}},
{$project: {productpoint:1,productname:1,productcode:1,productid:1,group: { $arrayElemAt: [ "$group", 0 ]},
category: { $arrayElemAt: [ "$category", 0 ]}, division: { $arrayElemAt: [ "$division", 0 ]} }}
]);
{$skip:0},{$limit: 1000}
// para inicial y luego para la próxima vez debe omitir:1000, límite:1000 y así sucesivamente. puede obtenerlo de la solicitud o mediante el uso de un bucle o mientras lo implementa.