Puede utilizar cualquiera de estas tres bibliotecas
- Frask-PyMongo - https://flask-pymongo.readthedocs.io/en/latest/
- Frask-MongoAlchemy - https://pythonhosted.org/Flask-MongoAlchemy/
- Flask-MongoEngine - http://docs.mongoengine.org/projects/flask-mongoengine/en/latest/
Yo personalmente uso el motor de matraz mongo y todo funciona bien
