En realidad, la primera opción es bastante rápida incluso con una gran cantidad de datos. Aquí hay una consulta de ejemplo usando la consola mongo:
/usr/bin/mongo yourdbname --eval "db.yourcollectionname.find().forEach(function(doc){doc.yourdatefield = new ISODate(doc.yourdatefield);db.yourcollectionname.save(doc)});"