El error lo dice todo:solo puede modificar varios documentos usando $ operadores modificadores. Probablemente tenías algo como esto:
> db.coll.update({ }, { a: 'b' }, false, true);
Que normalmente reemplazaría el primer objeto de la colección con { a: 'b' } si multi era falso ¡No querrás reemplazar todos los objetos de tu colección con el mismo documento!
Usa el $set operador en su lugar:
> db.coll.update({ }, { '$set': { a: 'b' } }, false, true);
Esto establecerá el a propiedad de cada documento (creándolo según sea necesario) a 'b' .
