La mejor manera de haber hecho esto (considerando que el nombre de la colección termina con _backup ) posiblemente haya usado mongorestore:http://docs.mongodb.org/manual/reference/mongorestore/
Sin embargo en este caso depende. Si la colección no está fragmentada, puede usar renameCollection ( http://docs.mongodb.org/manual/reference/command/renameCollection/ ) o puede usar un método más manual de (en código JavaScript):
db.collection1.drop(); // Drop entire other collection
db.collection1_backup.find().forEach(function(doc){
db.collection1.insert(doc); // start to replace
});
Esos son los métodos más comunes para hacer esto.
