¿Cómo realizar una actualización masiva de documentos en MongoDB con Java?

Usando el ejemplo en el manual sobre el nuevo bulkWrite() API, considere la siguiente colección de prueba que contiene los siguientes documentos:

{ "_id" : 1, "char" : "Brisbane", "class" : "monk", "lvl" : 4 },
{ "_id" : 2, "char" : "Eldon", "class" : "alchemist", "lvl" : 3 },
{ "_id" : 3, "char" : "Meldane", "class" : "ranger", "lvl" : 3 }

El siguiente bulkWrite() realiza múltiples operaciones en los characters colección:

Concha Mongo:

try {
    db.characters.bulkWrite([
        { 
            insertOne:{
                "document":{
                    "_id" : 4, "char" : "Dithras", "class" : "barbarian", "lvl" : 4
                }
            }
        },
        { 
            insertOne:{
                "document": {
                    "_id" : 5, "char" : "Taeln", "class" : "fighter", "lvl" : 3
                }
            }
        },
        { 
            updateOne: {
                "filter" : { "char" : "Eldon" },
                "update" : { $set : { "status" : "Critical Injury" } }
            }
        },
        { 
            deleteOne: { "filter" : { "char" : "Brisbane"} }
        },
        { 
            replaceOne: {
               "filter" : { "char" : "Meldane" },
               "replacement" : { "char" : "Tanys", "class" : "oracle", "lvl" : 4 }
            }
        }
    ]);
}
catch (e) {  print(e); }

que imprime la salida:

{
   "acknowledged" : true,
   "deletedCount" : 1,
   "insertedCount" : 2,
   "matchedCount" : 2,
   "upsertedCount" : 0,
   "insertedIds" : {
      "0" : 4,
      "1" : 5
   },
   "upsertedIds" : {

   }
}

La implementación equivalente de Java 3.2 es la siguiente:

MongoCollection<Document> collection = db.getCollection("characters");
List<WriteModel<Document>> writes = new ArrayList<WriteModel<Document>>();
writes.add(
    new InsertOneModel<Document>(
        new Document("_id", 4)
            .append("char", "Dithras")
            .append("class", "barbarian")
            .append("lvl", 3)
    )
);
writes.add(
    new InsertOneModel<Document>(
        new Document("_id", 5)
            .append("char", "Taeln")
            .append("class", "fighter")
            .append("lvl", 4)
    )
);
writes.add(
    new UpdateOneModel<Document>(
        new Document("char", "Eldon"), // filter
        new Document("$set", new Document("status", "Critical Injury")) // update
    )
);
writes.add(new DeleteOneModel<Document>(new Document("char", "Brisbane")));
writes.add(
    new ReplaceOneModel<Document>(
        new Document("char", "Meldane"), 
        new Document("char", "Tanys")
            .append("class", "oracle")
            .append("lvl", 4)           
    )
);

BulkWriteResult bulkWriteResult = collection.bulkWrite(writes);

Para su pregunta use replaceOne() método y esto se implementaría como

MongoCollection<Document> collection = db.getCollection("collection");
List<WriteModel<Document>> writes = Arrays.<WriteModel<Document>>asList(
    new ReplaceOneModel<Document>(
        new Document("_id", 1001), // filter
        new Document("author", "newName"), // update
        new UpdateOptions().upsert(true) // options
    )   
);

BulkWriteResult bulkWriteResult = collection.bulkWrite(writes);