¿Cuál es el patrón adecuado para esquemas anidados en Mongoose/MongoDB?

Creo que tiene razón en sus suposiciones, se llama Documentos incrustados en Mongoose, aquí está el ejemplo de la documentación de Mongoose.

var Comments = new Schema({
    title     : String
  , body      : String
  , date      : Date
});

var BlogPost = new Schema({
    author    : ObjectId
  , title     : String
  , body      : String
  , date      : Date
  , comments  : [Comments]
  , meta      : {
        votes : Number
      , favs  : Number
    }
});

mongoose.model('BlogPost', BlogPost);

Descargo de responsabilidad:¡No necesariamente pondría la coma antes de los elementos!