Mongo elimina los últimos documentos

Deberías poder usar el _id para ordenar según la última inserción, como se describe en la respuesta ">aquí :

db.coll.find().sort({_id:-1}).limit(100);

parece Sin embargo, no se admite el uso del límite en la operación estándar de eliminación de mongo, por lo que podría usar algo como esto para eliminar los 100 documentos:

for(i=0;i<100;i++) {
    db.coll.findAndModify({query :{}, sort: {"_id" : -1}, remove:true})
}

Consulte los docs para más información sobre findAndModify .