Estás codificando dos veces :
json_docs = [json.dumps(doc, default=json_util.default) for doc in stories]
resp = jsonify(data=json_docs)
Ahora cada entrada en json_docs es una cadena que representa un objeto JSON.
Elimina json.dumps() llamar:
resp = jsonify(data=stories)
o use flask.json.dump() con una Response() :
resp = Response(json.dumps({'data': stories}, default=json_util.default),
mimetype='application/json')
Esto le permite usar su json_util.default controlador en los objetos del cursor todavía.