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¿Cómo puedo crear ID únicos para documentos incrustados en MongoDB?

Sí, usar ObjectId de mongo es el camino a seguir. Lo único es:tienes que generarlos tú mismo, en el código de la aplicación. Están destinados a ser únicos a nivel mundial, diferentes trabajadores no generarán dos ObjectId idénticos, por lo que no hay condición de raza en ese sentido.

Todos los controladores oficiales deben proporcionar una forma de generar ObjectId. Así es como funciona en Ruby:

oid = BSON::ObjectId.new