En términos de rendimiento, la diferencia será pequeña en el mejor de los casos. Debido al hecho de que sus direcciones de correo electrónico son únicas, cualquier índice compuesto que tenga un campo de correo electrónico nunca será más útil que un índice solo con la dirección de correo electrónico. La razón de esto es que su campo de correo electrónico ya tiene cardinalidad máxima para su colección y cualquier otro campo de índice no ayudará a la base de datos a filtrar registros más rápidamente, ya que siempre llegará a los documentos correctos con solo el campo de correo electrónico.
En términos de uso de memoria (que es muy importante para bases de datos como MongoDB), el índice de correo electrónico también es mucho más pequeño.
TL;DR:use el índice solo en la dirección de correo electrónico.
