MongoDB agrega campos sin conocer todos los campos de antemano

Puede probar debajo de la agregación.

Convierta el objeto en una matriz de pares de valores clave seguido de $unwind+$group para agrupar por cada clave y acumular el conteo. Paso final para volver al objeto de valor clave con nombre.

db.colname.aggregate([
  {"$addFields":{"metrics":{"$objectToArray":"$metrics"}}},
  {"$unwind":"$metrics"},
  {"$group":{
    "_id":{"id":"$player_id","key":"$metrics.k"},
    "count":{"$sum":"$metrics.v"}
  }},
  {"$group":{
    "_id":"$_id.id",
    "metrics":{"$mergeObjects":{"$arrayToObject":[[["$_id.key","$count"]]]}}
  }}
])