¿Cómo actualizar un objeto en mongodb a través de mongoose?

No puedo encontrar ningún documento que cubra este caso simple, así que puedo ver por qué tienes problemas. Pero es tan simple como usar un $set con una clave que utiliza la notación de puntos para hacer referencia al campo incrustado:

OrganizationModel.update(
  {name: 'Koka'}, 
  {$set: {'address.street': 'new street name'}}, 
  callback);