El segundo parámetro de buscar le permite seleccionar campos . Entonces puede usar esto (tenga en cuenta que el campo _id siempre se selecciona de todos modos):
db.mycollection.find({}, {"user_id": 1, "total": 1});
También puede excluir ciertos campos, por lo que esto sería equivalente:
db.mycollection.find({}, {"items": 0});
Puede excluir el campo _id haciendo:
db.mycollection.find({}, {"user_id": 1, "_id": 0});
