Las sesiones de Connect-mongo no se eliminan automáticamente

No ha establecido un clear_interval para sus sesiones... el valor predeterminado de connect-mongo es -1 (o "nunca"):

Ejemplo de eliminación de sesiones caducadas cada hora (3600s):

var sessionStore = new MongoStore({
     db: 'myappsession',
     clear_interval: 3600
});

También debe asegurarse de haber establecido un maxAge en sus sesiones hasta que caduquen (por ejemplo, usando 1 día):

app.use(express.session({
    secret: "myappsecret",
    cookie: { maxAge: 24 * 60 * 60 * 1000 },
    store:sessionStore
}));