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Capacidad de rendimiento de agregación de MongoDB

No hay límite sobre el tamaño de la colección en MongoDB (en un conjunto de réplicas o en un clúster fragmentado). Creo que está confundiendo esto con el tamaño máximo de la colección después de alcanzar el cual no se puede fragmentar.

MongoDB Docs:Restricciones operativas de fragmentación

Para la cantidad de datos que planea tener, tendría sentido optar por un clúster fragmentado desde el principio.