consulta de subelementos mongodb

Puedes usar el $ operador de proyección para incluir solo los primeros values elemento de matriz que coincidió con la consulta:

 db.test.find({ 'values.check': true }, {name: 1, 'values.$': 1})

devuelve:

{
    "_id": ObjectId("50e22046dc278908f3a38a8e"), 
    "name": "test", 
    "values": [ { "check": true } ] }