Sí, puede utilizar una variación de la estrategia utilizada para crear un nuevo índice en un conjunto de réplicas sin tiempo de inactividad. Esto requerirá que el miembro oculto se desconecte mientras se crean los índices.
Aquí está el enlace para la estrategia:http://docs.mongodb.org/manual/tutorial/build-indexes-on-replica-sets/#procedure
En su caso, desconectará al miembro oculto y lo reiniciará en un modo independiente (elimine la opción --replSet y use un número de puerto diferente). Una vez que el miembro está aislado, puede ajustar los índices (eliminar los innecesarios y agregar otros nuevos). Una vez que se hayan creado los índices, reinicie el miembro con el puerto antiguo y la opción --replSet.
El miembro oculto se volverá a sincronizar con el conjunto de réplicas y ya está todo listo.
