Mongo utiliza un algoritmo para determinar qué índice se utilizará cuando no se proporciona ninguna pista y luego almacena en caché el índice utilizado para la consulta similar para las próximas 1000 llamadas
Pero cada vez que explique una consulta mongo, siempre ejecutará el algoritmo de selección de índice, por lo tanto, la explicación () con sugerencia siempre tomará menos tiempo en comparación con la explicación () sin sugerencia.
Se respondió una pregunta similar aquí Comprensión de mongo db explica
