no puedo obtener datos de la base de datos después de declarar varios esquemas (mongoose + express + mongodb

Al exportar varios modelos desde un solo archivo como en schema.js, debe otorgar a cada modelo exportado sus propias exports nombre del campo.

Por ejemplo, reemplace el múltiple module.exports = ... líneas en schema.js con este código al final del archivo que exporta todos los modelos:

module.exports = {
    User: User,
    Question: Question,
    Answer: Answer,
    Module: Module,
    Role: Role
};

Y luego en index.js puede acceder a los modelos así:

var models = require('./schema');
...
models.User.findOne(...