Tenga en cuenta que mongodb solo puede usar un índice por consulta (no unirá los índices para realizar una consulta en dos campos que tienen índices separados más rápido).
Dicho esto, si desea intentar verificar la unicidad, puede hacer una consulta desde la aplicación antes de insertar (lo que solo resuelve parcialmente el problema, porque hay una brecha entre la consulta y la inserción).
Es posible que desee votar en este tema de JIRA por índices filtrados, lo que probablemente ayudará a su caso de uso: https://jira.mongodb.org/browse/SERVER-785
