Eliminar elementos de la matriz de documentos en Spring + Mongo

Necesitas usar $pull operador de actualización que toma la consulta para hacer coincidir y eliminar todas las filas coincidentes en la matriz incrustada.

Algo como

public List<String> removeTripObject( List<String> tripIds ) {
    Query query = Query.query( Criteria.where( "tripGcsId" ).in( tripIds ) );
    Update update = new Update().pull("trips", query );
    getMongoTemplate().updateMulti( new Query(), update, "ORDER" );
    return updatedOrders;
}

Referencia

https://docs.mongodb.com/manual/reference/operator/update/pull/#remove-items-from-an-array-of-documents