calcular el promedio en Mongoose

No puede hacer referencia a $Comments.Rating porque los comentarios están en una colección separada y los documentos del producto solo contienen una referencia a ellos.

Entonces, en su lugar, debe emular una combinación siguiendo un par de pasos:

// 1. Get the product's Comments array of comment ids.
Product.findOne(id, 'Comments', function(err, product) {
    // 2. Filter Comments to just those in product.Comments and average the Rating
    Comments.aggregate([
        {$match: {_id: {$in: product.Comments}}},
        {$group: {_id: product._id, average: {$avg: '$Rating'}}}
    ], function (err, result) {...});
});