El argumento para remove() es un documento de filtro, por lo que pasar un documento vacío significa 'eliminar todo':
db.user.remove({})
Sin embargo, si definitivamente desea eliminar todo lo que podría Será mejor dejar la colección. Aunque eso probablemente depende de si tiene índices definidos por el usuario en la colección, es decir, si el costo de preparar la colección después de eliminarla supera la mayor duración de remove() llamada vs drop() llamar.
Más detalles en los documentos .
