Puede superar el límite de 2 Gb fragmentando. El límite de 2 Gb se aplica a procesos mongod individuales, en lugar de los datos totales en el conjunto de datos fragmentado.
Aquí hay alguna documentación sobre cómo comenzar con la fragmentación. También hay una secuencia de comandos de Python para configurar un fragmento entorno en una sola máquina . Supongo que funcionará en Windows.