La principal diferencia es que los almacenes de documentos (p. ej., MongoDB y CouchDB) permiten documentos arbitrariamente complejos, es decir, subdocumentos dentro de subdocumentos, listas con documentos, etc., mientras que los almacenes de columnas (p. ej., Cassandra y HBase) solo permiten un formato fijo, p. diccionarios estrictos de uno o dos niveles.
